A Milli Takım kadrosunda yer alan Aydın Yılmaz, tam 4 yıl aradan sonra yeniden A Milli Takımda olmanın heyecanını yaşıyor.
 
11 Ekim 2008'de Bosna Hersek ile oynanan 2010 Dünya Kupası grup eleme maçının kadrosuna çağrılan Aydın Yılmaz, o günden sonra ilk kez Abdullah Avcı tarafından Romanya ve Macaristan kadrosuna alındı.
 
Ay-yıldızlı forma ile 19 Haziran 2003'te Rusya ile oynanan U16 Milli maçında tanışan Aydın Yılmaz, milli takımların tüm yaş kategorilerine şimdiye kadar 70 kez çağrıldı.
 
Aydın Yılmaz, 2005'te Abdullah Avcı yönetiminde elde edilen Avrupa Şampiyonluğunda U17 Milli Takım kadrosunda ve aynı yıl Peru'da yapılan ve dünya döründücüsü olduğumuz U17 Dünya Kupası kadrosunda bulundu.
 
24 yaşındaki Galatasaraylı oyuncu ayrıca Haziran 2006'da U19 Milli Takımı ile UEFA U19 Avrupa Şampiyonası'nda da mücadele etti.