UEFA Kupası çeyrek ve yarı final kuraları İsviçre'nin Nyon kentinde, 2009 UEFA Kupası Finali Elçisi Can Bartu tarafından çekildi.

Finali 20 Mayıs 2009 Çarşamba günü Fenerbahçe Şükrü Saracoğlu Stadı'nda oynanacak UEFA Kupası çeyrek finalde ilk maçlar 9 Nisan, rövanşları 16 Nisan'da, yarı finalde ilk maçlar 30 Nisan, rövanşı 7 Mayıs'ta yapılacak.

UEFA Kupası çeyrek ve yarı final eşleşmeleri şöyle:

Çeyrek final eşleşmeleri:
Hamburg - Manchester City
PSG - Dinamo Kiev
Shakhtar - Marsilya
W.Bremen - Udinese

Yarı final eşleşmeleri
W.Bremen-Udinese / Hamburg-Manchester City
PSG-Dinamo Kiev / Shakhtar-Marsilya

UEFA Kupası 4. tur rövanş maçlarındaalınan sonuçlar şöyle:

Tarih-Saat	Ev Sahibi Takım	Skor	Misafir Takım	İlk Maç Skoru
18.03.2009-21.30	St Etienne	2-2	W. Bremen	0-1
18.03.2009-21.45	Ajax	2-2	Marsilya	1-2
19.03.2009-19.00	Metalist	3-2	Dinamo Kiev	0-1
19.03.2009-19.30	Zenit	1-0	Udinese	0-2
19.03.2009-19.30	Shakhtar	2-0	CSKA Moskova	0-1
19.03.2009-21.30	Galatasaray	2-3	Hamburg	1-1
19.03.2009-22.00	AaB	2-0	Manchester City	0-2
		3-4 Pen.
19.03.2009-22.30	Braga	0-1	PSG	0-0