Altınordu ve Denizli Belediyespor, Spor Toto 3.Lig'den Spor Toto 2. Lig'e yükselen son 2 takım oldu. 27 Mayıs'ta Ankara 19 Mayıs Stadı'nda oynanan maçta Denizli Belediyespor Diyarbakır Büyükşehir Belediyespor'u penaltılar sonucunda 4-2 yenerek Spor Toto 2.Lig'e yükseldi. Eskişehir Atatürk Stadı'nda oynanan günün diğer play-off final maçında ise Altınordu Darıca Gençlerbirliği'ne 1-0 üstünlük sağlayarak Spor Toto 2.Lig'e yükseldi.
26 Mayıs'ta Ankara 19 Mayıs Stadı'nda oynanan play-off final maçında Ünyespor Lüleburgazspor'u 2-0 yenerek play-off'lardan Spor Toto 2.Lig'e yükselene ilk takım olmuştu.
Toplam 6 takım 2.Lig'e yükseldi
Bu yıl ilk kez 18'er takmlı 3 gruptan oluşan Spor Toto 3.Lig'de normal sezonda gruplarını lider olarak tamamlayan Tepecikspor, Kırklarelispor ve Gaziosmanpaşa, 2011-2012 sezonunda Spor Toto 2.Lig'de oynamaya daha önce hak kazanmıştı.
Gruplarında 2., 3., 4. ve 5.sırayı alan Bursa Nilüferspor, Nazilli Belediyespor, Lüleburgazspor, Ünyespor, Afyonkarahisarspor, Gümüşhanespor, Darıca Gençlerbirliği, Altınordu, Beylerbeyi, Sancaktepe Belediyespor, Diyarbakır B.Ş. Diskispor ve Denizli Belediyespor olarak toplam 12 takım 23-27 Mayıs tarihleri arasında play-off maçları oynadı.
Spor Toto 3. Lig Play Off Müsabakaları - Final