Spor Toto 3. Lig'de 2011-2012 sezonu 12 ve 13 Mayıs 2012'de oynanacak maçlarla sona erecek. 19'ar takımdan oluşan 3 grubun bulunduğu Spor Toto 3.Lig'de gruplarını ilk sırada tamamlayan takımlar İnegölspor, Nazilli Belediyespor ve Hatayspor doğrudan Spor Toto 2.Lig'e yükselmeyi garantiledi.

Her grubu 2., 3.,4. ve 5. bitiren takımlar ise Play-Off oynama hakkını kazanacak. Play-off maçları tek maç eleme usulüne göre oynanacak. Bu müsabakalarda kazanan 6 takım final oynayacak ve finalde kazanan 3 takım ise Spor Toto 2. Ligi'ne yükselecek. Böylece toplam 6 takım Spor Toto 2. Lig'e yükselmiş olacak.

Spor Toto 3. Lig'de gruplarında 16,17, 18 ve 19. sıraları alan toplam 12 takım Bölgesel Amatör Lig'e düşecek.