Spor Toto 3. Lig'de 2011-2012 sezonu sona erdi. Gruplarını şampiyon olarak tamamlayan İnegölspor, Nazilli Belediyespor ve Hatayspor, Spor Toto 2. Lig'e yükseldi.

Spor Toto 3. Lig'de 1. Grup'ta MKE Kırıkkalespor, Lüleburgazspor, Keçiören Sportif A.Ş. ve Akçaabat Sebatspor, 2. Grup'ta Karsspor, Küçükçekmecespor A.Ş., Kepez Belediyespor ve Erganispor, 3. Grup'ta ise Diyarbakır Kayapınar Belediyespor, Afyonkarahisarspor, Araklıspor ve Çarşambaspor, Bölgesel Amatör Lig'e düşen takımlar oldu.