TFF 3. Lig kademe grupları 24, 25 ve 28 Aralık'ta oynanan karşılaşmalarla tamamlandı. 5 grupta toplam 50 takımın çift devreli lig usulüne göre oynadığı karşılaşmalar sonunda gruplarını birinci ve ikinci sırada tamamlayan 10 takım Yükselme Grubu'nda mücadele etmeye hak kazandı. Gruplarını 3-10. sırada tamamlayan takımlar ise 5 grupta 8'er takımdan oluşan klasman gruplarında mücadelelerine devam edecek.
Kademe grubu maçları sonunda Yükselme Grubu'na çıkan takımlar şöyle:
1. Kademe Grubu: Tepecik Belediyespor ve Lüleburgazspor
2. Kademe Grubu: Göztepe A.Ş. ve İzmirspor
3. Kademe Grubu: Tavşanlı Bld. TKİ Linyitspor ve Pursaklarspor A.Ş.
4. Kademe Grubu: Bafra Belediyespor ve Ankara Demirspor
5. Kademe Grubu: Hatayspor ve Kahramanmaraşspor
Yükselme Grubu'nda yer alan takımlar sıfır puandan başlarken, Klasman Gruplarındaki takımlar ise kademe gruplarında aldıkları puanlarla devam edecek.
Yükselme Grubu müsabakaları sonunda birinci, ikinci, üçüncü ve dördüncü sırada yer alan 4 takım direkt olarak TFF 2. Lig'e yükselecek. Yükselme Grubu'nu 5, 6 ve 7. sırada tamamlayan 3 takım ile klasman müsabakaları sonunda gruplarında ilk sırayı alan 5 takımın katılımı (toplam 8 takım) ile oynanacak eleme maçları sonunda iki takım daha TFF 2. Lig'e yükselmeye hak kazanacak. Klasman Grubu karşılaşmaları sonunda gruplarında son iki sırayı alan toplam 10 (on) takım illerindeki Mahalli Amatör Lige düşecek.
Not: Yükselme ve Klasman Grubu karşılaşmaları çift devreli lig usulüne göre oynanacak.
2008-2009 Sezonu TFF 3. Lig kademe gruplarının puan durumları şöyle:
TFF 3.Lig Kademe - Grup 01
TFF 3.Lig Kademe - Grup 02
TFF 3.Lig Kademe - Grup 03
TFF 3.Lig Kademe - Grup 04
TFF 3.Lig Kademe - Grup 05